vous ne devriez pas utiliser phpmyadmin pour cela, vous devriez utiliser mysqldump. depuis la ligne de commande, c'est
mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export
depuis un script php
$command = "mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export/file.sql";
exec($command, $output, $return_var);
c'est facile à automatiser avec un cronjob