Vous pouvez configurer plusieurs instances de mysql, mais pour votre situation, il vaut mieux créer différentes bases de données au sein de la même instance.
Vous pouvez créer des bases de données, puis ajouter des utilisateurs qui n'ont accès qu'à la manipulation de la base de données qui leur est donnée et rien d'autre.
La hiérarchie est essentiellement la suivante :
Mysql (root or any other super user can see everything)
- Your DB
- Your Users
- Your tables/functions/Procedures/etc
- Their DB
- Their Users
- Their tables/functions/procedures/etc.
Vous séparez essentiellement l'accès pour chacun, et dans PHPMyAdmin, c'est très simple. Les étapes sont :
- Ajouter une base de données )
- Ajouter un utilisateur, en le restreignant à cette base de données en n'autorisant que les privilèges que vous souhaitez accorder à cet utilisateur et uniquement à cette base de données. (Guide ici )