Mongodb :Trouver tous les documents où au moins un élément du tableau ne correspond pas ?

Vous pouvez le faire en enveloppant votre $nin dans un $elemMatch de sorte que le $nin est appliqué séparément à chaque élément des sections au lieu de l'ensemble des éléments en tant que groupe :

Group.find({ sections: { $elemMatch: { $nin: archived_sections } } })
    .exec(function(err, groups){
        res.send(groups);
    }
);

Si au moins un élément satisfait le $elemMatch requête, la doc correspond.