Mongodb findOne () ne renvoie pas la valeur nodejs

findOne renvoie une promesse , vous devez attendre qu'il se résolve pour lire les valeurs.

changez votre fonction en ceci :

module.exports = async function (req, res, next) {
  const headToken = req.header('token');
  const token = await Token.findOne({ token: headToken })
  ... 
}