Cela dépend du type de mises à jour que vous faites. Si ces mises à jour agrandissent votre document (array push ou similaire), alors oui, vous aurez une certaine fragmentation. Les mises à jour sur place ($inc) n'entraînent pas le déplacement du document (pas de fragmentation).
Soit dit en passant, ce n'est pas de la fragmentation en soi, mais plutôt de l'espace perdu. Autrement dit, si le document est déplacé vers un nouvel emplacement, son ancien emplacement ne sera pas réutilisé.
