Cela devrait faire l'affaire :
db.lists.update(
{},
{ $pull: {"items": {"_id" :ObjectId("5399e2cc2d7b0349d89d2b44") }},
{ multi: true }})
Pour chaque document de la collection ({} signifie une requête vide), il supprime chaque élément avec le _id fourni (dans les items déployer). Sans le multi option, seul le premier document trouvé sera affecté