MongoEngine encapsule PyMongo, qui a rendu "save" obsolète dans PyMongo 3.0 :
http://api.mongodb.com/python/current/changelog .html#collection-changes
MongoEngine devra peut-être déprécier sa méthode de sauvegarde, ou supprimer l'avertissement de dépréciation, ou peut-être un autre correctif pour gérer cette modification de PyMongo. Je vous recommande de rechercher le bug tracker de MongoEngine et de signaler ce problème s'il ne l'a pas déjà été.
Bogue MongoEngine - https://github.com/MongoEngine/mongoengine/issues/1491