J'ai fini par changer l'ordre des déclarations de modèle et cela a fonctionné (c'est-à-dire déclarer le modèle après étant référencé (???))
class Flight(Document):
sync_discrepancies = ListField(EmbeddedDocumentField('SyncDiscrepancy'))
class SyncDiscrepancy(EmbeddedDocument):
error_code = IntField()