Il y a un ticket JIRA pour ce problème et il est corrigé dans 2.5.0.
Pour l'instant, vous pouvez utiliser le point unicode pour les guillemets lors de l'insertion :
> db.foo.insert({ "field": "test \u0022 test" })
> db.foo.find()
{ "_id" : ObjectId("533455e563083f9b26efb5c2"), "field" : "test \" test" }