JSON.stringify ne supprime normalement pas les objets vides, c'est donc spécifique à la mangouste.
Je vous recommande d'essayer .toObject() ou .toJSON()
http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toObject
Celui-ci sera appelé pendant .stringify donc c'est probablement ce qui coupe les objets vides.http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toJSON
Alors essayez d'abord :
JSON.stringify(obj.toObject());