Cette question est peut-être ancienne, mais je rencontrais le même problème et j'ai trouvé une autre solution qui pourrait fonctionner pour d'autres.
Ajouter ?authSource=admin à la fin de votre MONGO_URI La variable authentifiera vos informations d'identification par rapport à la base de données d'administration, plutôt qu'à celle à laquelle vous vous connectez.
Exemple :app.config["MONGO_URI"] = "mongodb://username:example@sqldat.com:port/db_name?authSource=admin"
