Parce que cette requête trouve la doc dans le shell :
db.getCollection('stories').find({_id:'572f16439c0d3ffe0bc084a4'})
Cela signifie que le type de _id dans le document est en fait une chaîne, pas un ObjectId comme Mongoose s'y attend.
Pour trouver ce document en utilisant Mongoose, vous devez définir _id dans le schéma pour Story comme :
_id: { type: String }