Eloquent Outside of Laravel avec jenssegers/laravel-mongodb plusieurs connexions DB

Vous avez raison, il n'a pas de support natif. Mais c'est facile à ajouter :

composer require jenssegers/mongodb:*

puis :

use Illuminate\Database\Capsule\Manager as Capsule;
use Jenssegers\Mongodb\Connection as Connection;

$capsule = new Capsule();

$capsule->getDatabaseManager()->extend('mongodb', function($config){
    return new Connection($config);
});