J'ai eu exactement le même problème. J'ouvrais un fichier CSV dans Excel pour le masser et le sauvegarder à nouveau. En essayant de l'importer dans Mongo à l'aide de la commande "mongoimport", je recevais le même message d'erreur indiquant que j'avais des valeurs identiques. J'ai vérifié les en-têtes de colonnes encore et encore pour m'assurer qu'il n'y avait pas de valeurs identiques.
J'ai finalement essayé de réenregistrer le fichier à partir d'Excel en utilisant l'option "Windows Comma Separated (.csv)" du menu déroulant Format au lieu de l'option par défaut "Comma Separated Values (.csv)" trouvée dans la section "Common Format".
A parfaitement fonctionné.