Je ne trouve aucun document qui couvre ce cas simple, je peux donc voir pourquoi vous rencontrez des problèmes. Mais c'est aussi simple que d'utiliser un $set
avec une clé qui utilise la notation par points pour référencer le champ intégré :
OrganizationModel.update(
{name: 'Koka'},
{$set: {'address.street': 'new street name'}},
callback);