Vous pouvez utiliser $expr
qui permet l'utilisation d'expressions d'agrégation dans le langage de requête.
db.collection.find({ "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } })
ou avec agrégation
db.collection.aggregate([
{ "$match": { "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } } }
])