Gardez à l'esprit que mongodb ne peut utiliser qu'un seul index par requête (il ne joindra pas les index ensemble pour effectuer plus rapidement une requête sur deux champs qui ont des index séparés).
Cela dit, si vous voulez essayer de vérifier l'unicité, vous pouvez effectuer une requête à partir de l'application avant l'insertion (ce qui ne résout que partiellement le problème, car il y a un écart entre le moment de la requête et le moment de l'insertion).
Vous voudrez peut-être voter sur ce problème JIRA pour les index filtrés, ce qui aidera probablement votre cas d'utilisation : https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-785
