1. Oui, c'est exact.
2. Non, mieux vaut donner à mongodb autant d'espace disque que possible (si mongodb peut allouer plus d'espace que moins de fragmentation de disque dont vous disposerez, l'allocation d'espace supplémentaire est une opération coûteuse). Mais si vous le souhaitez, vous pouvez exécuter db.repairDatabase() du shell mongodb pour réduire la taille de la base de données.
3. Oui, vous pouvez exécuter repairDatabase sur une instance mongodb en direct (il est préférable de l'exécuter en dehors des heures de pointe)