Réponse courte - non, c'est certainement possible, mais pas raisonnable.
MongoDB est une base de données de documents et ne prend en charge aucune relation physique entre les collections. EF convient parfaitement aux bases de données relationnelles telles que SQL, MySQL, etc. MongoDB fonctionne plus rapidement avec les documents intégrés. Il s'agit donc simplement de deux approches différentes.