J'y suis parvenu en projetant les champs à l'aide d'alias, au lieu d'inclure et d'exclure par 0 et 1. Essayez ceci :
{
_id : 0,
"profile.ModelID" :"$profile.ModelID",
"profile.AVersion":"$profile.AVersion",
"profile.SVersion":"$profile.SVersion"
}