Il est probable que cette question soit liée aux bugs suivants :
- Une requête de comptage interrompue renvoie 0 comme résultat de comptage
- la commande count renvoie zéro dans certains cas d'erreur plutôt que de signaler une erreur avec ok:false
Dans mon cas (mongodb 2.0.1) était lié à la corruption de la base de données. Voir bogue find().count() ?