Pourquoi les nouveaux documents en mongo ont un objet et non un ObjectId ?

C'est c'est ce qu'est un ObjectID. C'est simplement un objet qui contient ces propriétés.

http://docs.mongodb.org/manual/reference/object-id/

{
    "_bsontype" : "ObjectID",
    "id" : "U\u0013[-Ф~\u001d$©t",
    "generationTime" : 1.43439e+09
}

U\u0013[-Ф~\u001d$©t est le binaire de 12 caractères chaîne qui est convertie en chaîne hexadécimale familière de 24 caractères (55107edd8e21f20000fd79a6 ) lorsque l'objet dans son ensemble est représenté sous forme de valeur textuelle (c'est-à-dire son .toString fonction est invoquée)

Dans Mongoose, les documents ont également un .id getter qui vous donne l'hex de 24 caractères comme valeur de chaîne.