Builders
est une classe très flexible, elle a également des opérateurs surchargés "& =ET" et "| =OU"
Votre exemple sera
var filter = Builders<User>.Filter.Eq(x => x.A, "1");
filter &= (Builders<User>.Filter.Eq(x => x.B, "4") | Builders<User>.Filter.Eq(x => x.B, "5"));