J'ai également rencontré ce problème. Et cela a été causé par la mise à niveau de mongodb sans arrêter le serveur mongo.
Maintenant que vous avez déjà la nouvelle version de mongodb (dites à partir de la version du shell mongo). Vous pouvez le résoudre en redémarrant simplement le mongod processus.
Pour démarrer et arrêter le processus mongo, voir https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/manage-mongodb-processes
