Deux possibilités ici :
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Puisque vous n'avez pas d'identifiant unique pour les commentaires, la seule façon de mettre à jour un élément spécifique sur le tableau des commentaires est d'indiquer explicitement l'index que vous mettez à jour, comme ceci :
db.documents.update( { _id: "iL9hL2hLauoSimtkM"}, { $push: { "comments.0.likes": "userID3" }} );
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Si vous ajoutez un identifiant unique pour les commentaires, vous pouvez le rechercher et mettre à jour l'élément correspondant, sans vous soucier de l'index :
db.documents.update( { _id: "iL9hL2hLauoSimtkM", "comments._id": "id1"}, { $push: { "comments.$.likes": "userID3" }} );