Mongodb crée toujours le fichier mongodb.lock au démarrage du serveur et le supprime avant l'arrêt de mongodb.
La suppression de mongodb.lock n'affecte aucune donnée, cela signifie simplement que mongodb n'a pas été arrêté correctement. Donc, vous avez raison de supprimer ce fichier et l'exécution avec l'option -repair devrait réparer la base de données.