Ce que j'ai vu et ce que j'utilise actuellement sont des tableaux intégrés avec des identifiants de nœud dans chaque document.
Ainsi, le document user1 a des groupes de propriétés :[id1,id2]
Et le groupe de documents1 a la propriété users :[user1]. Le groupe de documents2 a également des utilisateurs de propriété :[user1].
De cette façon, vous obtenez un objet Groupe et sélectionnez facilement tous les utilisateurs associés, et de même pour l'utilisateur.
Cela demande un peu plus de travail lors de la création et de la mise à jour de l'objet. Lorsque vous dites que 2 objets sont liés, vous devez mettre à jour les deux objets.
Il existe également un concept DBReferences dans MongoDB et, selon votre pilote, il extrait automatiquement les objets référencés lors de la récupération d'un document.
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+References#DatabaseReferences-DBRef