Les requêtes longues sont le signe d'une mauvaise conception. Il est préférable d'inspecter les requêtes en question et comment elles pourraient être optimisées. Ce serait simplement ignorer le problème.
Si vous le souhaitez toujours, vous pouvez utiliser la commande SHOW PROCESSESLIST pour obtenir tous les processus en cours d'exécution. Et puis utilisez KILL x pour tuer une connexion client. Mais pour que cela fonctionne, vous devez vérifier cela à partir d'un autre script PHP car le multithreading n'est pas encore possible. De plus, il n'est pas conseillé de donner aux utilisateurs utilisés par PHP des subventions pour modifier les paramètres du serveur.