Essayez ceci...
INSERT INTO admin_rule_module VALUES (13, 2, 'allow')
ON DUPLICATE KEY UPDATE permission = 'allow', entity_id = 2;
En supposant que vous ayez une clé UNIQUE KEY (rule_set_id, entity_id), au moins. Si vous voulez le faire avec un conditionnel et plusieurs instructions, vous devez le mettre dans une PROCEDURE ou une FUNCTION.