S'il s'agissait d'une opération ponctuelle, je ferais :
use DB;
show table status name where engine='innodb';
et faites un copier/coller rectangulaire depuis la colonne Nom :
+-----------+--------+---------+------------+-
| Name | Engine | Version | Row_format |
+-----------+--------+---------+------------+-
| countries | InnoDB | 10 | Compact |
| foo3 | InnoDB | 10 | Compact |
| foo5 | InnoDB | 10 | Compact |
| lol | InnoDB | 10 | Compact |
| people | InnoDB | 10 | Compact |
+-----------+--------+---------+------------+-
dans un éditeur de texte et convertissez-le en commande
mysqldump -u USER DB countries foo3 foo5 lol people > DUMP.sql
puis importez après avoir remplacé toutes les instances de ENGINE=InnoDB avec ENGINE=MyISAM dans DUMP.sql
Si vous voulez éviter la magie du copier/coller rectangulaire, vous pouvez faire quelque chose comme :
use information_schema;
select group_concat(table_name separator ' ') from tables
where table_schema='DB' and engine='innodb';
qui renverra countries foo3 foo5 lol people
