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mise à jour mysql - ignorer les champs vides ?

Il les remplacera par des valeurs vides. La bonne façon de procéder est de ne pas mettre du tout ces éléments dans la requête :

if (empty($field1) && empty($field2) && empty($field3) {
  // show error message, nothing to do
  return;
}

$updates = array();
if (!empty($field1))
  $updates[] = 'field1="'.mysql_real_escape_string($field1).'"';
if (!empty($field2))
  $updates[] = 'field2="'.mysql_real_escape_string($field2).'"';
if (!empty($field3))
  $updates[] = 'field3="'.mysql_real_escape_string($field3).'"';
$updates = implode(', ', $updates);

mysql_query("UPDATE table SET $updates WHERE ID=123");

De toute évidence, il serait plus simple de placer les modifications dans un tableau ou un objet associatif, puis de les parcourir en boucle.