MySQL ne vous laissera pas modifier l'indexation d'une colonne Auto-Index une fois qu'elle est créée. Ce que je fais est de supprimer la colonne Auto-Index, puis d'en ajouter une nouvelle avec le même nom, mysql indexera la colonne nouvellement générée sans lacunes. Ne le faites que sur les tables où l'index automatique n'est pas pertinent pour le reste des données mais simplement utilisé comme référence pour les mises à jour et les suppressions.
Par exemple, j'ai récemment fait exactement cela pour un tableau contenant des proverbes où la colonne Auto-Index n'était utilisée que lorsque j'ai mis à jour ou supprimé un proverbe, mais j'avais besoin que l'Auto-Index soit séquentiel car les proverbes sont extraits via un nombre aléatoire entre 1 et le décompte des proverbes, ayant des lacunes dans la séquence aurait pu conduire le nombre aléatoire pointant vers un index inexistant.
HTH