Est-il possible d'ajouter une colonne d'index primaire d'auto-incrémentation dans la table mysql complète tardivement ?

Vous pouvez utiliser ALTER TABLE pour ajouter la colonne et l'index en une seule commande. c'est-à-dire :

ALTER TABLE author2book ADD id INT(11) UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT, ADD PRIMARY KEY (id);

Voir la docs MySQL pour ALTER TABLE pour plus d'informations.