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PHP DELETE immédiatement après la sélection

Vous écrasez votre $result variable avec votre deuxième instruction :

$query="DELETE FROM names WHERE id = $result[id];";
$result = mysql_query($query); // result does not contain the array anymore

Changez le nom en quelque chose d'autre. Cela n'a rien à voir avec l'appel par référence ou autre.

En fait, votre première affectation des valeurs est inutile car $row est déjà un tableau :

$row = mysql_fetch_assoc($result);
$result = array();
$result["id"] = $row["id"];
$result["peerID"] = $row["peerID"];
$result["name"] = $row["name"];

Vous pouvez simplement faire :

$row = mysql_fetch_assoc($result);
// at the end
return $row;

Ensuite, vous n'avez même pas besoin de changer le nom de votre variable pour la deuxième instruction. Mais pensez à utiliser des noms de variables significatifs.