Une autre façon de réécrire cette requête.
Regroupez et comptez dans chaque table individuellement, puis rejoignez :
SELECT a.id,
COALESCE(b.t1, 0) AS t1,
COALESCE(c.t2, 0) AS t2,
COALESCE(d.t3, 0) AS t3
FROM
entity a
LEFT JOIN
( SELECT ei,
COUNT(*) AS t1
FROM table1
GROUP BY ei
) AS b
ON a.id = b.ei
LEFT JOIN
( SELECT ei,
COUNT(*) AS t2
FROM table2
GROUP BY ei
) AS c
ON a.id = c.ei
LEFT JOIN
( SELECT ei,
COUNT(*) AS t3
FROM table3
GROUP BY ei
) AS d
ON a.id = d.ei
;
Vous devez absolument ajouter un index sur (ei)
sur chacune des 3 tables, si vous n'en avez pas.