Mysql
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MySQL Compte les enregistrements correspondants de plusieurs tables

Une autre façon de réécrire cette requête.

Regroupez et comptez dans chaque table individuellement, puis rejoignez :

SELECT  a.id, 
        COALESCE(b.t1, 0) AS t1,
        COALESCE(c.t2, 0) AS t2,
        COALESCE(d.t3, 0) AS t3
FROM
        entity a
    LEFT JOIN
        ( SELECT ei,
                 COUNT(*) AS t1
          FROM table1
          GROUP BY ei
        ) AS b
            ON a.id = b.ei
    LEFT JOIN
        ( SELECT ei,
                 COUNT(*) AS t2
          FROM table2
          GROUP BY ei
        ) AS c
            ON a.id = c.ei
    LEFT JOIN
        ( SELECT ei,
                 COUNT(*) AS t3
          FROM table3
          GROUP BY ei
        ) AS d
            ON a.id = d.ei
  ;

Vous devez absolument ajouter un index sur (ei) sur chacune des 3 tables, si vous n'en avez pas.