Il ne semble pas que mysqlimport puisse lire depuis STDIN mais vous pouvez peut-être expérimenter avec un tube nommé . Quelque chose comme ça (non testé)
mkfifo bigfile
mysqlimport -uuser -ppassword Database bigfile &
cat genome | nawk > bigfile
Ou vous pouvez utiliser une extension bash pour exécuter des commandes au lieu de fichiers
mysqlimport -uuser -ppassword Database <(cat genome | nawk)