Il semble que vous souhaitiez probablement faire en sorte que l'une des bases de données agisse en tant qu'esclave de l'autre, de cette façon, toutes les mises à jour sur le maître seront automatiquement propagées à l'esclave. La Documentation MySQL a beaucoup de détails à ce sujet.
Si vous souhaitez pouvoir effectuer des mises à jour sur l'une ou l'autre base de données et les répliquer sur l'autre, je pense qu'il est également possible de configurer MySQL pour utiliser la réplication multi-maître.