Ni l'un ni l'autre n'est vrai.
L'expression :
c1=c2=1
est évalué comme :
c1=(c2=1)
Pour MySql l'expression booléenne c2=1 évalue à 0 ou 1 pour false ou true respectivement.
Donc 0 ou 1 sera affecté à c1 et dans ce cas puisque c2=1 est false le résultat sera 0 .
Vous devez utiliser des affectations distinctes pour chaque colonne :
update t1
set
c1=1,
c2=1;