Créer une matrice de cooccurrence à partir de la base de données mysql en MYSQL, PHP ou R

Regrouper une auto-jointure :

SELECT   a.uid a, b.uid b, COUNT(*) cnt
FROM     my_table a JOIN my_table b ON b.id = a.id AND b.uid > a.uid
GROUP BY a.uid, b.uid

Voir sur sqlfiddle .