Le problème a fini par être un caractère non ASCII présent dans la balise CDATA, comme l'a souligné Colin dans les commentaires de la question.
J'étais pressé de résoudre ce problème, j'ai donc utilisé une méthode de force brute et tout exécuté via un remplacement de regex en plus de utf8_encode(), j'ai utilisé :$output =preg_replace('/[^(\x20-\x7F)] */','', $output); J'ai trouvé ceci ici :http://www.stemkoski.com/php-remove-non-ascii-characters-from-a-string/
Merci à Colin et Francis pour leurs contributions.
