Vous avez raison, vous ne pouvez pas appeler votre alias dans les clauses WHERE ou HAVING, mais à part cela, je ne suis pas sûr de ce que vous voulez dire. GROUP BY et HAVING sont destinés à être utilisés ensemble :
SELECT a.ID, sum(b.Qty*b.Price) AS Subtotal
FROM tbl_One AS a
LEFT JOIN tbl_Two AS b ON b.TwoID = a.ID
GROUP BY a.ID
HAVING sum(b.Qty*b.Price) > 100 AND sum(b.Qty*b.Price) < 200
