Est-il possible de trier par le nombre total de plusieurs tables ?

Vous avez probablement juste besoin de modifier un peu la première requête :

return Post::selectRaw('Count(likes.id) + Count(comments.id) as total_count')
        ->withCount(['likes', 'comments'])
        ->groupBy('posts.id')
        ->orderByRaw('(Count(likes.id) + Count(comments.id)) desc')
        ->paginate();