Essayez de remplacer la sous-requête par une jointure :
SELECT *
FROM files f
LEFT OUTER JOIN reades r on r.file_id = f.file_id
WHERE r.file_id IS NULL
Voici un lien vers un article sur ce problème . L'auteur de cet article a écrit une procédure stockée pour forcer MySQL à évaluer les sous-requêtes comme indépendantes. Je doute que ce soit nécessaire dans ce cas cependant.
