Généralement, cela se fait à l'aide d'une transaction. Editez le fichier contenant tous les INSERTs. Ajoutez une ligne en haut et en bas :
BEGIN TRANSACTION;
-- all insert statements go here
COMMIT;
Maintenant, une fois que vous vous êtes connecté à MySQL à partir de la ligne de commande, exécutez
mysql> source file_name
Voir ici pour plus de détails.