Mysql
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cronjob lisant une base de données et écrivant dans une autre

Bref, non. Le script SQL vous fournirait simplement des commandes à exécuter sur le serveur de base de données. Vous avez toujours besoin de quelque chose pour établir des connexions au serveur. SQL ne le fera pas pour vous, ce n'est pas à cela que sert SQL.

Vous devrez utiliser un client, mysql/python ou tout ce qui vous convient. Je vous conseille de ne pas compliquer les choses inutilement. Ce que vous faites en ce moment semble bien.