Vous recherchez uniquement un nom de colonne parmi tous les noms de colonne de l'ensemble de l'instance MySQL. Vous devez également filtrer par schéma (=base de données) et noms de table :
IF EXISTS(SELECT * FROM INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS WHERE COLUMN_NAME = N'CustomerVariable1Value' AND TABLE_NAME = 'MyTableName' AND TABLE_SCHEMA = 'MyDatabase')