JPA n'autorise pas les entités composées de colonnes provenant de plusieurs tables ?

Je ne comprends pas bien votre configuration.

@SecondaryTable sert à stocker une seule entité dans plusieurs tables, mais dans votre cas, vous avez une relation plusieurs-à-un entre différentes entités (chacune stockée dans sa propre table), et elle doit être mappée comme telle :

@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}