Vous ne sauvegardez pas information_schema, mais sinon, oui, conservez une copie de votre my.cnf et un vidage des tables mysql db et des paramètres de journalisation. Pour ce faire, procédez comme suit :
mysqldump -u$user -p$pass --all-databases > db_backup.sql
Si vous allez restaurer à 100% la même version de MySQL, vous pouvez également sauvegarder en fermant votre serveur et en faisant une copie complète du contenu de /var/lib/mysql (ou où que se trouvent vos fichiers de données) avec votre fichier mon.cnf. Ensuite, remettez simplement la copie en place lorsque vous souhaitez mettre en ligne et allumer votre serveur.