Vous avez combiné jointure séparée par des virgules et jointure interne où vous avez utilisé la même table plus d'une fois, ce qui n'est pas nécessaire.
Si je ne me trompe pas, c'est ce que vous recherchez
SELECT `order`.`DATE`,
`order`.`day`,
shop.shop_name,
item.item_name,
scan.stack,
scan.stack_price,
scan.price,
scan.note
FROM `order`
join scan
ON `order`.order_id = scan.order_id
join shop
ON `order`.shop_id = shop.shop_id
join item
ON scan.item_id = item.item_id