Création d'un système de messagerie dans DB (plus particulièrement MySQL)

Je ne comprends pas votre question.

Votre idée est la façon normale de le faire. Vous configureriez une table avec recipient_id et message_id et exécuteriez des requêtes dessus pour déterminer (par exemple) les messages d'un utilisateur particulier. Vous devrez peut-être également stocker des données supplémentaires dans cette table, comme si l'utilisateur a lu le message, etc., selon les besoins de votre application.